После победы над злобным ниндзей Шредером в тесной черепашьей семье назрел раскол. Старая крыса, а по совместительству учитель боевых рептилий, Сплинтер обеспокоен бардаком, что творится на улицах Нью-Йоркщины. Промышленник Макс Винтерс собирает армию древних чудищ.